В статье, исходя из современных представлений о функциях, строении, химическом обеспечении передачи возбуждения в нервной системе, делается попытка объяснения физиологических механизмов терапевтического эффекта СКЭНАР-терапии. Особое внимание уделено нейромедиаторной роли и биологически активным, регуляторным свойствам нейропептидов. С этой точки зрения рассматриваются некоторые постулаты и эффекты СКЭНАР-терапии, например, такие как «принцип универсальности», отсутствие противопоказаний, противоболевые эффекты и т.д.